1. Black Mesa Inbound (Прибытие в Чёрную Мезу) — «Доброе утро, и добро пожаловать в Транзитную систему Чёрной Мезы. Сейчас 08:47 утра, постоянная температура в комплексе 68°F…». (68 °F = 20 °C) Гордон Фримен прибывает в Чёрную Мезу для работы в лабораториях аномальных материалов. Вся глава состоит из поездки Фримена на монорельсовом поезде, в течение которой он может составить впечатление об общем облике и масштабах исследовательского центра.
2. Anomalous Materials (Аномальные материалы) — Фримен получает защитный костюм H.E.V. — облачение, необходимое для работы в опасных условиях и направляется в тестовую камеру для участия в важном эксперименте. В ходе опыта Гордон, следуя инструкциям, помещает образец аномального материала в антимасс-спектрометр, после чего в камере происходит неконтролируемое явление, названное учёными каскадным резонансом.

3. Unforeseen Consequences (Непредвиденные последствия) — Фримен оказался в числе выживших после ужасной катастрофы, исказившей до неузнаваемости облик исследовательского центра. В Чёрную Мезу начали телепортироваться иноземные существа, ведущие себя крайне агрессивно. В такой ситуации один из учёных (названный в Half-Life 2 Илаем Вэнсом) просит Гордона выбраться на поверхность и вызвать помощь.
4. Office Complex (Офисный комплекс) — Отбиваясь от пришельцев, Гордон Фримен пытается добраться до поверхности, привлекая на свою сторону чудом выживших учёных и охранников.
5. «We’ve Got Hostiles» («Мы встретили неприятеля») — Довольно быстро Фримен выясняет, что «помощь» уже здесь — правительство выслало военные силы, которым дано задание — уничтожить все следы эксперимента и всех его свидетелей. Включая, естественно, и самого Фримена. Единственный путь к спасению, по словам одного из выживших учёных — комплекс «Лямбда», куда Гордон теперь намеревается попасть. Гордон выбирается на поверхность, но высадка десанта вынуждает его искать другой путь.
6. Blast Pit (Реактивная шахта) — Путь через шахту для испытаний реактивного двигателя преграждает гигантское существо с тремя щупальцами-тентаклями. Для достижения цели, Фримену приходится восстановить подачу топлива к двигателю и выжечь эту внеземную форму жизни.
7. Power Up (Энергия) — Дальнейший путь к комплексу «Лямбда» лежит через железную дорогу, но генератор питания отключен. Фримену предстоит обеспечить подачу энергии к рельсам, между делом уничтожив огромную иноземную тварь — Гаргантюа. Гордон заманивает существо к исправному генератору, где оно и погибает от разряда.
8. On the Rail (Рельсовый путь) — Продвижение Фримена по железной дороге осложняется постоянными атаками военных. Один из уцелевших охранников сообщает Гордону, что команде «Лямбда» для наведения порядка в Чёрной Мезе необходим спутник на орбите. Гордон, следуя новой цели, добирается до ракетного комплекса и запускает космический аппарат.
9. Apprehension (Мрачные предчувствия) (другое значение слова apprehension — «поимка») — Перед тем, как Фримен продолжит путь, ему предстоит убить опасного водного пришельца — Ихтиозавра. В конце главы Гордон впервые сталкивается с таинственными наёмницами чёрных оперативников. А сразу после этого военным удается загнать его в тупик. Приняв твёрдое решение избавиться от Фримена без суда и следствия, они решают сбросить его в мусорный компактор.

Концовкa

В конце игры Фримен оказывается в таком же вагончике, в котором он совершал поездку по территории исследовательского центра во вступительной части игры. Вагончик словно несётся сквозь пространство и время, а перед Фрименом стоит G-Man. Человек с кейсом, впечатлённый действиями Гордона, предлагает ему работу. Шагнув в телепорт за открывшейся дверью вагончика, Фримен принимает предложение о работе, и G-Man помещает учёного в стазис, где тот ожидает своего возвращения во второй части игры. В противном же случае, безоружный Гордон телепортируется в неизвестное место Зена, оказавшись окружённым бесчисленным количеством чудовищ из чужого мира. Любой осуществлённый выбор приводит к логическому завершению Half-Life.

Любопытно, что в файле, содержащем титры, появляющиеся на экране игры, концовка, в которой Фримен принимает предложение, носит название TRAITOR (предатель), а та, в которой Гордон отказывается — LOSER (проигравший или неудачник).

Сюжет продолжения, игры Half-Life 2, предполагает, что Гордон принял предложение G-Man’а.

* Есть ещё одна концовка — в определённых локациях учёные и охранники важны для прохождения игры(без их помощи невозможно открыть некоторые двери), и если убить такого персонажа, то на экране появляется буквально следующее — «Объект: Фримен, Статус: оценка способностей прекращена. Посмертное заключение: объект не смог эффективно использовать человеческие ресурсы для достижения цели»